pandoc 用 defaults.yaml （フォントファイルを同階層に置く場合）

epub-fonts:
      - texgyrepagella-regular.otf
      - texgyrepagella-bold.otf
      - texgyrepagella-italic.otf
      - texgyrepagella-bolditalic.otf

style.css パスに小文字で ../fonts/フォント名 と書くのがポイント。欧文書体を活かすには font-family の指定で 欧文書体、和文書体の順で指定すること。

@font-face {
font-family: "TeX Gyre Pagella";
font-style: normal;
font-weight: normal;
src: url("../fonts/texgyrepagella-regular.otf");
}
@font-face {
font-family: "TeX Gyre Pagella";
font-style: normal;
font-weight: bold;
src: url("../fonts/texgyrepagella-bold.otf");
}
@font-face {
font-family: "TeX Gyre Pagella";
font-style: italic;
font-weight: normal;
src: url("../fonts/texgyrepagella-italic.otf");
}
@font-face {
font-family: "TeX Gyre Pagella";
font-style: italic;
font-weight: bold;
src: url("../fonts/texgyrepagella-bolditalic.otf");
}

body, p {
    font-family: "TeX Gyre Pagella", "ヒラギノ明朝 ProN", "HiraMinProN-W3", "游明朝体", "Yu Mincho", serif;
}

分数は数式なので注意。